뉴욕 교외의 어느 마을, 수상한 기구들을 잔뜩 실은 짐과 함께 마을의 빈 집으로 이사 온 과학자! 호기심 가득한 꼬마들 에단, 팀, 찰리, 사라, 앨리스는 과학자가 곤충을 연구하는 박사라는 것과 사과나무를 해치는 해충으로 샘 아저씨의 사과 과수원이 위기에 처했다는 것을 알게 돼요. 키 박사는 사과 과수원에 무슨 문제가 생겼는지를 알아내고, 과수원을 구하기 위해 온 것이지요.
키 박사는 다섯 꼬마와 한국에서 온 철호와 함께 사과 과수원을 살펴본 끝에, 하늘소의 애벌레가 사과나무를 망치고 있다는 걸 알게 돼요. 문제의 원인을 발견한 키 박사와 꼬마 곤충학자들은 이제 애벌레의 천적을 찾아 사과 과수원을 구해야 해요. 과연 키 박사와 아이들은 뉴욕의 상징인 사과를 구할 수 있을까요?
첫 번째 이야기. 마을에 온 이상한 과학자
두 번째 이야기. 벌레와의 숨바꼭질
세 번째 이야기. 샘 아저씨의 과수원에 나타난 벌레들의 정체는?
네 번째 이야기. 부탄에서 온 기쁜 소식
다섯 번째 이야기. 드디어 소포가 왔어!
여섯 번째 이야기. 사과나무에 실험망을 설치하다
일곱 번째 이야기. 팀은 어디 갔을까?
여덟 번째 이야기. 두 번째 실험
아홉 번째 이야기. 불길한 징조
열 번째 이야기. 앨리스를 찾아 나서다
열한 번째 이야기. 마지막 실험 결과
열두 번째 이야기. 반딧불이들의 아름다운 향연!
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